Príbeh sa odohráva 80 rokov po 4. veľkej vojne ninjov. 5 Veľkých dedín sa zmenili na tri. Konohagakure, Kirigakure a Kumogakure. (Ostatné sa neskôr otvoria) Po zdolaní Kabuta a Madari nastal na dlhý čas mier. No nič netrvá večne. Objavila sa nová organizácia. Organizácia ktorá sa skladá z 8 členov. Sekai no hakai. Zatial sa nič poriadne o tejto organizácii nevie. Ale vie sa že sa pokúšajú o niečo nekalé. Sekai no hakai hľadá vzácne meče ktoré majú jedinečné schopnosti. Sekai no hakai má v súčastnosti iba jeden tento meč. Mečov existuje 8. 3 z mečov majú Konohagakure, Kirigakure a Kumogakure. O 2 mečoch sa zatiaľ nevie. 2 meče sú ukryté niekde vo svete. Nie sú tam len tak nechránené. Každý z mečov má svoju ochranku. Problém je, že užívatelia, si nevyberajú meč, ale meč si vyberá užívateľa. Vraví sa, že všetkých 8 mečov pohromade má silu zničiť celý svet. Preto veľké dediny nemôžu dopustiť aby tieto meče získala Sekai no hakai. Všetci sa snažia meče získať. Je len na vás či meč využijete k dobru alebo ku zlu. Je len na vás či svet zanikne, alebo zostane taký aký bol posledných pár rokov. V miery bez vojen a nepriateľov.
